感染与免疫院重点实验室实行依托单位领导下的主任负责制，并建立以下组织结构：

　　实验室主任：由依托单位推荐，主管部门聘任，报中科院备案。现任主任拟由高光侠研究员担任。实验室主任在学术委员会和室委会的领导下开展工作，并实行定期汇报制度。

　　学术委员会：建立具有广泛影响和代表性的学术委员会，并通过“年会制度”密切指导实验室目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作。学术委员会由国内外相关领域著名专家学者13人组成，现任学术委员会主任由中山大学曾益新院士担任。

　　室务委员会：在依托和主管部门审定的实验室建设方针和发展战略指导下，讨论并按多数原则决定实验室的课题设置、运行管理、资源争取、资金使用及其他重要事务。现任室务会由实验室正副主任3名委员组成，执行和实施实验室的日常管理工作。日常管理实行依托单位领导下的主任负责制，由科研秘书配合工作。