生物物理研究所高度重视科研成果的社会和经济价值，进入中科院知识创新工程以来，共申请专利63项，其中国际专利5项；获得授权50项，其中国际专利2项。研究所与71家国内外企业建立了技术转让和研发合作关系，实现成果转让75项。

　  生物物理研究所的产业化实践取得了丰硕的成果。中生北控生物科技股份有限公司率先实现了临床诊断试剂的国产化并逐步成长为行业龙头企业，于2006年在香港创业板成功上市。

　  依托生物物理研究所专利技术建立的北京百奥药业有限责任公司是全球最大的蚓激酶生产企业，公司的拳头产品“百奥蚓激酶”是“北京名牌产品”并打入了国际市场。目前百奥药业已成为拥有蛋白质多肽药物系列产品的现代化企业。

　　为了进一步打造产业化创新体系，建设蛋白质科学国家实验室成果孵化基地，生物物理研究所成立了蛋白质产业孵化器（北京百川飞虹生物科技有限公司），致力于科研成果的产业化和对产业的技术支撑，并以此为基础向地方辐射，与绵阳、无锡等地方政府联合建立规模化的蛋白质相关产品生产基地。

　　生物物理研究所积极探索产、学、研相结合的产业思路，与泰州市医药高技术园区管委会共同成立泰州市蛋白质工程研究院，面向地方经济需求，开展生物医药创新研究，发挥骨干引领作用，推动了区域生物医药产业发展。