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EMDB 中国镜像网站(http://www.emdb-china.org.cn/)正式发布
2018-08-30 | 【     】【打印】【关闭

  近年来冷冻电镜技术迅猛发展,已经成为结构生物学领域关键的技术手段,与此同时我国从事冷冻电镜工作的人员日益增长,冷冻电镜数据更是呈现爆炸性增长趋势。由于冷冻电镜技术产生的数据量极大,欧洲生物信息所为了满足学术界对于冷冻电镜数据的需求,推动领域内发展,在欧洲搭建了EMDB(Electron Microscopy Data Bank)网站服务器,提供冷冻电镜原始数据,重构结果等研究信息的数据共享服务。由于研究者使用网站时上下行数据量极大,客观上使得亚洲区域的用户不得不忍受较慢的连接速度对于研究工作的影响。

  因此,为了给国内科研工作者提供高分辨率电镜数据上传下载的便捷通道,推动冷冻电镜相关研究工作,同时进一步提升中国基础科学研究的国际地位,中国生物物理学会的冷冻电子显微镜子研究委员会于2016年作出决定与欧洲分子生物学实验室生物信息研究所(EMBL-EBI)合作,在中国建立EMDB镜像站点。

  经过一年多的筹备,目前EMDB中国镜像站点EMDB-China已正式发布(http://www.emdb-china.org.cn/),站内数据与欧洲EBI保持同步,并已实现EMDB和EMPIAR (Electron Microscopy PublicImage Archive )镜像数据下载、EMDB数据在线可视化预览、EMDB数据筛选排序、数据统计和数据搜索等功能。

  --EMDB和EMPIAR镜像数据下载

  通过站内的FTP链接进行EMDB和EMPIAR镜像数据下载,EMDB镜像数据也可以通过站内搜索进入数据页面实现下载。

  --EMDB数据在线可视化预览

  支持所有主流浏览器的EMDB数据远程在线可视化预览,提供密度图等值面快速生成及场景三维交互功能。

  --EMDB数据筛选排序

  提供EMDB数据的EM method和Component type相关条件筛选查询,以及相关Map release date、Header release date、resolution和Molecular weight等数据排序。

  值得一提的是,中国镜像网站与欧洲网站的数据每周同步一次,保证了网站和数据的时效性,同时经过生物物理所和网络中心紧密合作,更多更完善的功能即将上线,敬请期待。

  该镜像站点由中国科学院生物物理研究所、中国科学院计算机网络信息中心、中国科学院计算技术研究所共同承建。

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